Y a pas vraiment de soucis ... mais bon, c'est un peu du gachis jveux dire ...
Et pis niveau sécurité, la FAT c'est pas top, alors si jamais y a un probleme avec son windows, mieux vaut être en NTFS ...

pour winrar : non, si il fait extraire ici mais que dans les options c'est précisé que le fichier temporaire d'extraction est par exemple sur C:/, bah le fichier sera d'abord extrait dans C:/ (c'est transparent à nos yeux), puis sera déplacé dans ici, et si C:/ n'est pas en NTFS et que le fichier fait plus de 4Go, ça causera problème.