Annoncé peu de temps après la présentation de la DS à l'E3 2004, Xenosaga reste un jeu mystérieux. On ne sait pas s'il s'agira d'un épisode de la série inédit ou non, s'il s'agit d'une histoire parallèle. Les seules informations sûres sont qu'il utilisera l'écran tactile, qu'il est distribué par Namco et développé par Monolith Software.
Hier Namco annonçait que la sortie du jeu était repoussée.