Si il relance la configuration du logiciel c'est surement parce qu'il n'arrive pas a créer le dossier preference utilisateur dans %APPDATA%, verifies que le dossier mozilla existe dans %APPDATA% deja.
WinInstall LE commence a se faire vieux, si je me souviens bien il y a des gestionnaire de package MSI gratuits plus recents aujourd'hui, je demanderait a mon collègue qui en créé de temps en temps.
Sinon l'installation par GPO ça peut etre bien, le packaging des applications à l'install c'est même encore mieux quand on peut