Tu peut utiliser
Yamb :
quand tu le lance tu clique sur "Create a MP4 file with ...", ensuite avec le bouton "Add" tu ajoute ton fichier video puis les sous titres, tu choisis un dossier de destination pour ton fichier final et tu clique sur "Next".
Je n'ai pas essayé avec un fichier mp4, mais a priori ca devrait marcher sans problème.