Bon ben je vois que t'as vite pigé comment on fait les MAJ de firmware.
Ok, maintenant effaces le fichier ez5firmwreUP_V104.nds de la microsd il est plus nécessaire.
Maintenant, recopies le répertoire save et gbasave que tu avais sauvegardé sur ton PC.
Et chose très importante, copies tes rom GBA sans utiliser l'ez4 client, ça n'est pas du tout requis et c'est probablement pourquoi le problème de sauvegarde se produit.
Donc
rom clean sur la microSD et l'idéal serait des les mettre dans un répertoire nommé GBA comme je l'indique sur mon tuto.
Pour tes roms DS un répertoire jeux où tu y mets tes
roms clean.
Ensuite tu inserts ton ez 3in1, démarres ton ez5i et lances ton jeu pokemon => choix PSRAM
Fais bien attention a attendre la fin du processus de patch, c'est
très très long parfois mais fait une seule fois.
Si ton jeu GBA ne démarre pas juste après le processus de patch, tu redémarres ta console et réessayes.
Dis moi ce qu'il en ai, sachant que l'erreur de pile interne est normale comme je l'ai indiqué. L'ez 3in1 ne dispose pas d'une horloge interne.
Ce qu'il faut que tu vérifies c'est, jouer, sauvegarder, éteindre ta console, relancer ton jeu pokemon et voir si ta sauvegarde est toujours bonne.
Alors n'hésites pas, achètes-le ! 
Mode linéaire
